Die Flagge des Protektorats Böhmen und Mähren wurde im März 1939 eingeführt, da die angestrebte Beibehaltung der bisherigen Tschechoslowakischen Flagge durch das Deutsche Reich abgelehnt wurde. Die neue Flagge zeigte drei waagerechte Streifen in Weiß, Rot und Blau. Die Farben Weiß und Rot sind die seit dem 12. Jahrhundert bekannten böhmischen Wappenfarben (weißer Löwe auf Rot), während Blau Mähren repräsentieren sollte.
Das große Wappen des Protektorats Böhmen und Mähren zeigte ein gevierteiltes Schild, im ersten und vierten Feld das Wappen Böhmens (silberner zweischwänziger Löwe mit goldener Krone auf rotem Grund), im zweiten und dritten Feld das Wappen Mährens (silber-rot geschachter Adler mit goldener Krone auf blauem Grund).
Landkarte des Protektorats Böhmen und Mähren 1939–1945:
Quelle: Volker Preuß
Das Sudetenland – das Siedlungsgebiet der Deutschen – gehörte direkt zum Deutschen Reich, das Siedlungsgebiet der Tschechen unterstand als "Protektorat Böhmen und Mähren" deutscher Oberhoheit.
"Böhmen und Mähren" ist die Zusammenfassung der Namen der beiden Landschaften, jedoch zwischen 1939 und 1945 in nicht historischen Grenzen. Die Bezeichnung "Protektorat" war unehrlich und absolut unpassend, denn ein Protektorat ist ein Schutzstaat. In Wirklichkeit war Böhmen und Mähren ein machtloses, der Willkür des nationalsozialistischen Deutschen Reiches ausgeliefertes Objekt.
Der Name "Böhmen" geht auf den keltischen Stamm der Bojer zurück, der hier in der Antike siedelte. Die Bojer wurden 80–70 v.Chr. von den germanischen Markomannen verdrängt. Die slawischen Tschechen besiedelten das Land im 6. Jahrhundert. Die tschechische Bezeichnung "Cesko", also "Tschechei", kam erst im 19. Jahrhundert mit den Erstarken des tschechischen Nationalismus auf.
Der Name "Mähren" ist slawischen Ursprungs und geht auf den Fluss "March" zurück, der bei Pressburg in die Donau mündet. In alten Zeiten wurde der Fluss noch "Maraha" genannt, und das Land durch welches er fließt "Marahanien". So wurden aus den Bewohnern dieses Landes "Marahanen", die später "Mähren", "Mährer" oder "Moravci" genannt wurden. Die "March" heißt in der heutigen tschechischen Landessprache "Morava", so wie der Landesname "Mähren", der in Tschechisch ebenfalls "Morava" heißt.