Alle französischen Kolonien, hatten über lange Zeit keine eigene Flagge. Es musste die französische Trikolore gehisst werden. Das gilt im Prinzip bis heute. Der Status der Kolonien änderte sich über die Jahre. Einige sind heute Überseedepartements, und damit ein ultraperipherischer Teil Frankreichs und auch der EU; andere sind Überseegemeinschaften, die autonom sind, und nicht Teil Frankreichs oder der EU. Überseedepartements gehören – nicht wie die Departements des Mutterlandes – zu keiner administrativen Region Frankreichs, sondern bilden eine eigene Region. Die Gebietskörperschaft muss demzufolge offiziell die Flagge Frankreichs verwenden, jedoch können der Generalrat als oberstes gewähltes Kollegialorgan eines französischen Départements und auch der Regionalrat als oberstes gewähltes Kollegialorgan einer französischen Region eigene Flaggen haben. Diese Départements- und Regionsflaggen haben allerdings oft das Erscheinungsbild von Firmenflaggen mit Logos oder gar stilisierten Bildern, wirken lieblos, unhistorisch, technokratisch und modernistisch, denn im streng zentralistischen Frankreich wird jedwede Regionalität oder gar ein Bezug zur Geschichte vermieden. Darum sind diese Regions-Logo-Flaggen unbeliebt und werden kaum benutzt. Der Generalrat des Departements hatte (als Verwaltungsorgan) seit 1982 seine eigene Flagge. Diese Flagge wurde 2011 von einer neuen Flagge ersetzt, die das Departement als Gebietskörperschaft repräsentiert. Die Flagge des Generalrats zeigte das Wappen von Mayotte mit dem Landesnamen in roter Schrift darüber auf einem weißen Tuch. Die Flagge des Départements ist ähnlich, jedoch ist in Inschrift schwarz und zeigt die Worte "DÉPARTEMENT" oberhalb des Wappens und darunter "DE MAYOTTE". Für lokale und touristische Zwecke gibt es wahrscheinlich – wie bei fast allen französischen Besitzungen üblich – noch die bekannten und beliebten Wappen-Flaggen. Dazu wird das Bild des Wappenschilds des Landes auf ein Flaggentuch übertragen. Jedoch ist das für Mayotte nicht sicher. Im Internet lassen sich solche Abbildungen finden, auch Abwandlungen davon, jedoch ist die tatsächliche Verwendung fraglich.
Das Wappen von Mayotte wurde 1982 eingeführt. Es ist ein in silbernem Bogenschnitt bordiertes Wappen und von Blau und Rot geteilter Schild. Oben ein silberner, liegender Mond und unten zwei goldene sechsblättrige Blüten mit silbernem Butzen. Schildhalter sind zwei silberne Seepferdchen. Unter dem Wappen die Devise auf silbernem Band mit schwarzen Majuskeln „RA HACHIRI“ („Wir sind wachsam“).
1886 · Frankreich erklärt die anderen Komoreninseln zum Protektorat
1912 · Schaffung der französischen Kolonie Komoren
1946 · die Komoren werden französisches Überseeterritorium
1974 · Volksabstimmung auf Mayotte über die Unabhängigkeit der Komoren, die Mehrheit der Mahorais lehnt die Unabhängigkeit ab
1975 · die Komoren erklären sich für unabhängig und erheben Ansprüche auf Mayotte
1976 · Volksabstimmung auf Mayotte über die Unabhängigkeit, die Mehrheit der Mahorais lehnt erneut die Unabhängigkeit ab
1985 · eine Flüchtlingswelle strömt von den Komoren auf die Insel
1991 · eine Flüchtlingswelle strömt von den Komoren auf die Insel
2009 · Volksabstimmung, Mayotte soll Übersee-Département und Übersee-Region werden
2011 · Mayotte wird Übersee-Département und Übersee-Region, wobei Generalrat und Regionalrat zusammengelegt werden, das Land wird eine "Collectivité territoriale unique"
Das Wort "Mayotte" ist ein französischer Name für die einheimische Bezeichnung "Maoré". Dieser Name für die Insel entstand um 1500, weil sich hier ein eigenständiger Staat, der "Maoré" or "Mawuti" genannt wurde, herausgebildet hatte. Die Bezeichnungen kommen aus der arabischen Sprache und sollen "Insel der Toten" bzw. "Insel des Todes" bedeuten. Die Einwohner selber nennen sich "Mahorais".