Die Flaggengeschichte des Landes beginnt mit der Piraterie arabischer Stämme, die sich in der Region durch die Konfrontation der großen Seemächte in den Napoleonischen Kriegen und dem sich nach Napoleons Niederlage erholenden Welthandel zu sehr erfolgreichen Piraten entwickeln konnten. Die wichtigsten Vertreter der Piraterie waren die Stammesverbände der Hinawi (Scheichtum Abu Dhabi, später kamen noch Dubai und Fudschaira hinzu) und Ghafiri (in den Scheichtümern Umm al-Qaiwain und Adschman) und die mächtige Dynastie der Al-Qawasim, die im Emirat Ras al-Chaima und später auch in Schardscha regierte. Die Hinawi und Ghafiri verwendeten einfarbige rote Flaggen ohne definierte Seitenlängen. Die Al-Qawasim hatten, als mächtige Seemacht, schon eine modernere Flagge. Sie war horizontal gestreift grün-weiß-rot mit einer arabischen Inschrift in der Mitte "Nassr min Allah wa fatah karib" → "Durch Allah zum Sieg und zur totalen Unterwerfung". Die Seemacht Großbritannien beschloss militärisch gegen die Piraterie vorzugehen und besiegte die arabischen Stämme der Region, die 1820 zu einem die Piraterie beendenden See-Friedensvertrag gezwungen wurden. Die Araber wurden zum Frieden verpflichtet, jedoch erhielten ihre Schiffe Freizügigkeit im Handel und durften ungehindert britische Häfen anlaufen. Dazu mussten sie jedoch zu Lande und zu Wasser die Vertragsflagge des Seefriedens zu verwenden, die in der britischen Marine verwendete "White Pierced Red", offenbar eine bisherige quadratische Signalflagge. Allerdings durften in Kriegszeiten alle Unterzeichner zu ihren bisherigen Flaggen zurückkehren. Die Vertragsflagge "White Pierced Red" war bei den befriedeten Arabern nicht sehr beliebt, und wenn sie verwendet wurde, dann wurde ihre Form in eine in der Region übliche längliche Form abgeändert. Bei den Al-Qawasim setzte sich das Design jedoch als Flagge ihrer Emirate durch und wird bis heute dort verwendet. Die konkurrierenden Scheichs der Hinawi und Ghafiri sahen mit dem Friedensvertrag ohnehin die Al-Qawasim mehr in der Pflicht als sich selbst. Über die Jahre stellte es sich für die Scheichs so dar, dass sie die gleiche Flagge wie die Al-Qawasim zu benutzten, oder gar deren Flagge zu übernehmen hätten. Umm al-Qaiwain lehnte die "White Pierced Red" aus besagten Gründen ab und verwendete eine einfarbig rote Flagge mit einem weißen Streifen am Mast als Vertragsflagge, so wie sie damals und heute auch von Bahrain und Katar verwendet wurde (vielleicht nach deren Vorbild gestaltet), so wie sie auch heute noch von Adschman und Dubai verwendet wird. Der Friedensvertrag soll auch geregelt haben, dass die Ghafiri ihre einfarbig rote Flagge wie üblich weiter als Kriegsflagge nutzen durften. Diese gemäß Seefriedensvertrag im Kriegsfall erlaubte alte Flagge könnte bis 1892 verwendet worden sein, denn in jenem Jahr errichtete Großbritannien sein Protektorat und übernahm die Außen- und Verteidigungspolitik der Vertragsstaaten. Die heutige Flagge von Umm al-Qaiwain wurde am 09.05.1961 eingeführt, indem die Flagge des Seefriedensvertrags – das einfarbig rotes Flaggentuch mit dem weißen Streifen am Mast – als National- und Staatsflagge übernommen wurde. Jedoch wurden Halbmond und Stern im roten Feld hinzugefügt, um die Flagge von der anderer Emirate unterscheiden zu können. Vor der Einführung der Vertragsflagge britischen Ursprungs in den Farben Weiß und Rot waren bei den Ghafiri und Hinawi, also auch in Umm al-Qaiwain, einfarbig rote Flaggen verwendet worden. Rot ist im Gebiet des Indischen Ozeans und des Persischen Golfs eine traditionelle Flaggenfarbe, die in engem Zusammenhang zum Islam steht, denn es ist die Farbe der Scherifen von Mekka, und ist ein Symbol der im östlichen Arabien lebenden islamischen Charidschiten. Rote Flaggen haben bzw. hatten alle islamischen Dynastien, die sich auf die Herkunft von den Alawiten berufen (auch Aliden genannt, Abkömmlinge Ali's → z.B. heutiges Marokko, früheres Nordjemen).
ca. 1750 · Eroberung durch Beduinen, Beginn der Piraterie, das Gebiet wird "Piratenküste" genannt
1775 · Gründung des Emirats Umm al-Qaiwain durch die Al Mualla Familie vom Al-Ali-Clan
1806–1819 · Aktionen der britischen Marine gegen die Piraten
1820 · Friedensvertrag zur Beilegung der Piraterie
1834 · Erneuerung des Friedensvertrags
1853 · Erneuerung des Friedensvertrags, "Ewiger Seefriede", Umm al-Qaiwain wird Teil des "Vertragsomans", auch "Vertragsstaaten" genannt
1892 · Großbritannien errichtet sein Protektorat über den Emiraten
02.12.1971 · Großbritannien entlässt die Emirate in die Unabhängigkeit, Gründung der Vereinigten Arabischen Emirate (Abu Dhabi, Adschman, Fudschaira, Schardscha, Dubai und Umm al-Qaiwain)
Das Emirat ist nach seiner Hauptstadt benannt: "Umm al-Qaiwain". Der Ursprung des Namens ist weitestgehend ungeklärt. Eine Theorie übersetzt den Namen aus dem Arabischen "umm liquatayn" als: "Mutter zweier Kräfte". Die arabische Aussprache wird sehr verschieden in lateinischer Schrift dargestellt, so dass es verschiedene Schreibweisen gibt, so: Umm al-Qaiwain, Umm Al Quwain, Umm al-Quwain, Umm al-Quwwayn, Umm al-Qiwain, Umm al-Qawain, Umm al-Qaywayn, Umm el-Qiwain.