Die Flaggengeschichte des Landes beginnt mit der Piraterie arabischer Stämme, die sich in der Region durch die Konfrontation der großen Seemächte in den Napoleonischen Kriegen und dem sich nach Napoleons Niederlage erholenden Welthandel zu sehr erfolgreichen Piraten entwickeln konnten. Die wichtigsten Vertreter der Piraterie waren die Stammesverbände der Hinawi (Scheichtum Abu Dhabi, später kamen noch Dubai und Fudschaira hinzu) und Ghafiri (in den Scheichtümern Umm al-Qaiwain und Adschman) und die mächtige Dynastie der Al-Qawasim, die in Emirat Ras al-Chaima und später auch in Schardscha regierte. Die Hinawi und Ghafiri verwendeten einfarbige rote Flaggen ohne definierte Seitenlängen. Die Al-Qawasim hatten, als mächtige Seemacht, schon eine modernere Flagge. Sie war horizontal gestreift grün-weiß-rot mit einer arabischen Inschrift in der Mitte "Nassr min Allah wa fatah karib" → "Durch Allah zum Sieg und zur totalen Unterwerfung". Die Seemacht Großbritannien beschloss militärisch gegen die Piraterie vorzugehen und besiegte die arabischen Stämme der Region, die 1820 zu einem die Piraterie beendenden See-Friedensvertrag gezwungen wurden. Die Araber wurden zum Frieden verpflichtet, jedoch erhielten ihre Schiffe Freizügigkeit im Handel und durften ungehindert britische Häfen anlaufen. Dazu mussten sie jedoch zu Lande und zu Wasser die Vertragsflagge des Seefriedens zu verwenden, die in der britischen Marine verwendete "White Pierced Red", offenbar eine bisherige quadratische Signalflagge. Sie war quadratisch weiß und zeigte in der Mitte ein rotes Quadrat, ein neuntel so groß wie die Gesamtfläche der Flagge. Allerdings durften in Kriegszeiten alle Unterzeichner zu ihren bisherigen Flaggen zurückkehren. Die Vertragsflagge "White Pierced Red" war bei den befriedeten Arabern nicht sehr beliebt, und wenn sie verwendet wurde, dann wurde ihre Form in eine in der Region übliche längliche Form abgeändert. Bei den Al-Qawasim setzte sich das Design jedoch als Flagge ihrer Emirate durch und wird bis heute dort verwendet. Die konkurrierenden Scheichs der Hinawi und Ghafiri sahen mit dem Friedensvertrag ohnehin die Al-Qawasim mehr in der Pflicht als sich selbst. Über die Jahre stellte es sich für die Scheichs so dar, dass sie die gleiche Flagge wie die Al-Qawasim zu benutzten, oder gar deren Flagge zu übernehmen hätten. Einige Scheichs lehnten die "White Pierced Red" aus besagten Gründen ab und verwendeten eine einfarbig rote Flagge mit einem weißen Streifen am Mast als Vertragsflagge, so wie sie damals und heute auch von Bahrain und Katar verwendet wurde (vielleicht nach deren Vorbild gestaltet), so sie wie auch heute noch von Adschman und Dubai verwendet wird. Der Friedensvertrag soll – wie weiter oben schon erwähnt – auch geregelt haben, dass die Stämme in Kriegszeiten ihre einfarbig rote Flagge weiter als Kriegsflagge nutzen durften. Im ursprünglich zu Schardscha (Al-Qawasim) gehörenden Fudschaira beginnt 1876 die Herrschaft des ash-Sharqi-Clans (Hinawi) und 1902 erklärt Fudschaira unter Scheich Hamad bin Abdullah seine Unabhängigkeit von Schardscha, was von allen anderen Scheichs anerkannt wurde, jedoch nicht von den Briten, so das Schardscha den Seefriedensvertrag nicht unterschrieb und eine einfarbig rote Flagge (ohne weißen Rand oder weißen Balken am Mast) verwendete. Im Jahre 1952 erkannte Großbritannien schließlich die Eigenständigkeit von Fudschaira an und berücksichtige das Land bei der Bildung des Trucial Council (ein Zusammenschluss der Emirate) unter Britischer Oberhoheit. Somit verwendete Fudschaira ab 1952 eine einfarbig rote Flagge an Land und die Flagge des Seefriedensvertrags zur See (Die "White Pierced Red" – eine einfarbig rote Flagge mit einem weißen Rand ringsum). Um sich von den anderen Emiraten zu unterscheiden, z.B. verwendete Abu Dhabi bis 1958 ebenfalls eine einfarbige rote Flagge an Land (ebenso das Sultanat Maskat und Oman), wurde der arabisch geschriebene Name des Landes in Weiß in der Mitte des roten Flaggentuchs ergänzt. Die Praxis wurde bis 1961 beibehalten, dann wurde die Schrift wieder entfernt und die Flagge war wieder einfarbig rot. 1975 wurde die schlichte rote Flagge abgeschafft und die Flagge der Vereinigten Arabischen Emirate als Flagge des Landes eingeführt. Vor der Einführung der Vertragsflagge britischen Ursprungs in den Farben Weiß und Rot waren bei den Ghafiri und Hinawi einfarbig rote Flaggen verwendet worden. Rot ist im Gebiet des Indischen Ozeans und des Persischen Golfs eine traditionelle Flaggenfarbe, die in engem Zusammenhang zum Islam steht, denn es ist die Farbe der Scherifen von Mekka, und ist ein Symbol der im östlichen Arabien lebenden islamischen Charidschiten. Rote Flaggen haben bzw. hatten alle islamischen Dynastien, die sich auf die Herkunft von den Alawiten berufen (auch Aliden genannt, Abkömmlinge Ali's → z.B. heutiges Marokko, früheres Nordjemen).
ca. 1750 · Eroberung durch Beduinen, Beginn der Piraterie, das Gebiet wird "Piratenküste" genannt, Gründung des Emirats Ras al-Chaima durch den Qawasim Clan vom Stamme der Huwayla
1765 · das Emirat Ras al-Chaima erwirbt die Stadt Khor Fakkan von Persien
1806–1819 · Aktionen der britischen Marine gegen die Piraten
1820 · Friedensvertrag zur Beilegung der Piraterie
1834 · Erneuerung des Friedensvertrags
1853 · Erneuerung des Friedensvertrags, "Ewiger Seefriede", Fudschaira wird Teil des "Vertragsomans", auch "Vertragsstaaten" genannt
1869 · Tod von Sultan ibn Saqr von Ras al-Chaima, Erbteilung, Gründung des Emirats Schardscha
1876 · im zu Schardscha gehörenden Fudschaira beginnt die Herrschaft des ash-Sharqi-Clans
1892 · Großbritannien errichtet sein Protektorat über den Emiraten
1902 · Fudschaira erklärt seine Unabhängigkeit von Schardscha
1952 · Großbritannien erkennt die Eigenständigkeit von Fudschaira an, Bildung des Trucial Council unter Britischer Oberhoheit
1964–1972 · Fudschaira betreibt einen eigenständigen Postdienst und gibt Briefmarken heraus
02.12.1971 · Großbritannien entlässt die Emirate in die Unabhängigkeit, Gründung der Vereinigten Arabischen Emirate (Abu Dhabi, Adschman, Fudschaira, Schardscha, Dubai und Umm al-Qaiwain)
Das Emirat ist nach seiner Hauptstadt benannt: "Fudschaira". Das heißt übersetzt: "kleiner Sonnenaufgang". Die arabische Aussprache wird sehr verschieden in lateinischer Schrift dargestellt, so dass es verschiedene Schreibweisen gibt, so Fujairah, Al-Fujayrah, Fujayrah, Fujeira, Fudshaira.