Die Flagge von Molise ist einfarbig blau und zeigt in der Mitte das Wappen der Region. Dieses zeigt einen roten Schild mit einem silbernen Schräglinks-Balken und in der Oberecke einen silbernen, achteckigen Stern. Über den Ursprung des Wappens ist nichts bekannt, jedoch erinnert der Stern in der Oberecke an die Grafschaft Molise, in deren Wappen er das zentrale Element auf dem Schild bildete. Es gibt auch Versionen der Flagge, die zusätzlich noch die Inschrift "REGIONE MOLISE" in Rot zeigen.
6. Jhd. v.Chr. · im heutigen Molise siedeln die Samniten und Frentaner, die ca. 280 v.Chr. Bundesgenossen Roms werden
410 n.Chr. · Einfall der Westgoten
476 · Absetzung des letzten römischen Kaisers Romulus Augustulus, Ende des (West)Römischen Reiches, Molise gehört bis 493 zum Reich des Odoaker
bis 565 · Eroberung durch Byzanz (Ostrom)
568/569 · Langobarden erobern einen großen Teil Süditaliens, so auch das heutige Molise, und gründen dort das Herzogtum Benevent
774 · Eroberung Norditaliens durch die Franken, das Herzogtum Benevent kommt unter fränkische Oberhoheit
888 · Nach dem Aussterben der Karolinger zerfällt das Herzogtum Benevent in mehrere langobardische Fürstentümer
1130 · Unteritalien mit den langobardischen Fürstentümern, der Stadt Neapel, und den von den Byzantinern verlassenen normannischen Gebieten werden mit dem normannischen Königreich Sizilien vereinigt, das heutige Molise bleibt mit dem Königreich Sizilien (bzw. zwischen 1282 und 1815 mit dem Königreich Neapel) bis 1861 verbunden
1194 · das Königreich Sizilien kommt an das Haus Hohenstaufen
1221 · Gründung der Grafschaft Molise
1266 · das Königreich Sizilien kommt an das Haus Anjou, Neapel wird ständige Hauptstadt des Reiches
1282 · "Sizilianische Vesper" – durch einen Volksaufstand kommt die Insel Sizilien als Königreich an das Haus Aragón, Unteritalien verbleibt als Königreich Sizilien (inoffiziell auch Königreich Neapel) bis 1442 bei Anjou
1495 · das Königreich Neapel wird französischer Besitz
1529 · das Königreich Neapel wird Besitz des Hauses Habsburg
1556 · das Königreich Neapel kommt an die spanische Linie des Hauses Habsburg
1701–1714 · Spanischer Erbfolgekrieg
1714 · Friedensvertrag von Utrecht, das Königreich Neapel und das Königreich Sardinien kommen an die österreichischen Habsburger, das Königreich Sizilien kommt an Savoyen-Piemont
1734 · das Haus Habsburg überlässt das Königreich Neapel-Sizilien dem Haus der Spanischen Bourbonen
Januar 1799 · Einmmarsch französischer Revolutionstruppen, im Königreich Neapel wird die Bourbonen-Herrschaft beendet, Proklamation der Parthenopäischen Republik, der König flieht nach Palermo, Abzug der französischen Truppen, die Insel Sizilien bleibt beim Haus Bourbon
Juni 1799 · anti-französischer Aufstand, Sturz der Republik, der König kehrt zurück
1806 · Einmarsch französischer Truppen unter Napoléon I., Napoleón inthronisiert seinen Bruder Joseph Bonaparte als König von Neapel
1808 · Joseph Bonaparte wird König von Spanien, Napoleón inthronisiert seinen Schwager Joachim Murat als König von Neapel
1815 · Wiener Kongress, Neuordnung Europas nach der Ära Napoléon, das Königreich Sizilien und das Königreich Neapel kommen an die Spanischen Bourbonen
1860 · Garibaldis Feldzug gegen das Königreich beider Sizilien, der König geht ins Exil, Garibaldi regiert als Diktator
1861 · Einmarsch von Truppen des Königreichs Sardinien-Piemont, die Grafschaft Molise endet, das Königreich beider Sizilien muss sich dem Königreich Italien anschließen
1947 · Gründung der Region Abruzzen als Verwaltungseinheit
1963 · Molise spaltet sich als eigene Region von der Region Abruzzen ab
Die Region Molise liegt teilweise auf dem Gebiet des ehemaligen langobardischen Herzogtums Benevent, das 571, kurz nach der Eroberung durch die Langobarden gegründet worden war. Im Jahre 787 wurde das Herzogtum durch Karl den Großen unterworfen und zu nominell zu einem Fürstentum umgewandelt. Benevent wurde 1053 von den Normannen erobert und 1077 an den Kirchenstaat abgetreten. Der Titel blieb jedoch erhalten, Papst Alfons V. von Aragonien wurde im Jahre 1440 von Papst Eugen IV. als "Vikar von Benevent" eingesetzt, Papst Alexander VI. verlieh Benevent als Herzogtum an seinen ältesten Sohn Juan Borgia. 1798 kam Benevent an Neapel und wurde 1806 von Napoleon an seinen Minister Talleyrand verschenkt, der den Titel eines "Fürsten von Benevent" annahm. Der Name der Region Molise geht auf die Grafschaft Molise zurück, die 1221 auf dem Gebiet des ehemaligen Herzogtums Benevent gegründet wurde. Die Grafschaft endete 1861 durch den Einmarsch von Truppen des Königreichs Sardinien-Piemont. Der Name der Grafschaft geht auf die Ortschaft Molise zurück, die 12 km norwestlich von Campobasso liegt. Die Stadt Benevent liegt heute in Kampanien.