Kokand verwendete eine einfarbige rote Flagge. Rot ist eine Flaggenfarbe mit großer Tradition und großer Verbreitung in der islamischen Welt, von der Türkei über Turkestan zu den Küsten Arabiens, über Sansibar bis zu den Maldiven. Sie steht in engem Zusammenhang zum Islam. Rote Flaggen haben bzw. hatten alle islamischen Dynastien, die sich auf die Herkunft von den Alawiten (auch Aliden genannt, Abkömmlinge Ali's) berufen (z.B. heute noch Marokko, ehemals Nordjemen), oder auch die arabischen Emirate, einschließlich Omans. Außerdem ist Rot die Farbe von Omar, dem zweiten Kalifen. In der kurzen Phase der Unabhängigkeit als autonomer Staat wurde eine waagerecht gestreifte rot-blaue Flagge mit Halbmond und Stern in der Mitte verwendet, das Symbol des Islam aber auch der Türken. Rot ist die traditionelle Flaggenfarbe des Landes, Blau ist Farbe der Turkvölker und Tataren.