Gelb und Rot sind die Farben der Stadt Würzburg, die auch von Bistum Würzburg verwendet wurden. Das Bistum wurde im Jahre 1803 zum Reichsdeputationshauptschluss aufgehoben und das Territorium zum größten Teil dem Kurfürstentum Bayern angeschlossen. Im Jahre 1805 (Frieden von Pressburg) trat Bayern Würzburg an Ferdinand von Habsburg ab, der den Kurfürstentitel hatte. Dafür erhielt Bayern zum Ausgleich Tirol. Im Jahre 1806 trat Würzburg dem Rheinbund bei, der Kurfürstentitel musste abgelegt werden, dafür wurde Würzburg zum Großherzogtum erhoben. Die Flagge wurde abgeändert, und zwischen dem roten und gelben Streifen ein blauer Streifen hinzugefügt. Die Farben sind eine Kombination der Farben des ehemaligen Bistums mit denen der Stadt Würzburg.
Das Wappen der Stadt Würzburg zeigt ein sogenanntes "Rennfähnlein" in den Farben Rot und Gelb auf einem schwarzen Schild. Das Rennfähnlein erinnert an das Wappen des Bistums Würzburg, dort zeigt es jedoch die Farben Rot und Weiß, die Farben von Franken. Die Bischöfe von Würzburg waren seit dem 12. Jahrhundert nominell auch Herzöge von Franken. Im Jahre 1805 (Frieden von Pressburg) trat Bayern Würzburg an Ferdinand von Habsburg ab, der den Titel eines Kurfürsten hatte, so entstand das Kurfürstentum Würzburg. Jetzt wurde der österreichische Bindenschild der Babenberger in die Mitte des Wappens des ehemaligen Bistums Würzburg aufgelegt, überhöht von einer Fürstenkrone. Als das Land 1806 Großherzogtum wurde, wurde das Wappen beibehalten.
1168 · die Bischöfe von Würzburg werden zu Herzögen von Ostfranken ernannt
1792, 1796, 1800 und 1805 · Invasionen französischer Revolutionstruppen unter Napoléon in das Deutsche Reich, das Deutsche Reich unterliegt und wird von Napoléon territorial umgestaltet
1801 · alle linksrheinischen Gebiete werden an Frankreich abgetreten und von diesem einverleibt
1803 · Reichsdeputationshauptschluss, Umgestaltung der territorialen Gliederung des Deutschen Reiches, geistliche Besitzungen werden enteignet, alte Fürstenterritorien und freie Städte werden enteignet oder aufgehoben und alten oder neuen Fürstentümern übertragen, die Zahl der Gebietskörperschaften des Reiches wird dadurch von 300 auf 60 reduziert – das Bistum und Hochstift Würzburg wird abgeschafft, und sein Territorium größtenteils an das Kurfürstentum Bayern gegeben
26.12.1805 · Frieden von Pressburg, Bayern erhält Tirol und tritt im Gegenzug Würzburg an Ferdinand Joseph aus dem Hause Habsburg (ehemaliger Großherzog der Toskana) ab, da dieser auf das Kurfürstentum Salzburg verzichtet, darf er den Kurfürstentitel behalten, und dieser wird auf Würzburg übertragen - es entsteht das Kurfürstentum Würzburg
12.07.1806 · Napoléon erzwingt die Gründung des Rheinbundes, ein Zusammenschluss von sechzehn süd- und südwestdeutschen Staaten unter französischem Protektorat
06.08.1806 · Kaiser Franz II. legt die Krone des Heiligen Römischen Reiches Deutscher Nation nieder, das Reich endet
26.09.1806 · Ferdinand Joseph tritt dem Rheinbund bei, legt damit den Titel Kurfürst ab und wird zum Großherzog ernannt - es entsteht das Großherzogtum Würzburg
Oktober 1813 · Niederlage Napoléons bei Leipzig, der Rheinbund beginnt sich aufzulösen
01.05.1814 · Würzburg wird Bayern angeschlossen, das Großherzogtum endet
1815 · Wiener Kongress, Neuordnung Europas nach der Ära Napoléon, die Besitzverhältnisse und die Raumordnung im ehemaligen Deutschen Reich werden wieder hergestellt, jedoch nicht die Souveränität der geistlichen Länder, deren Besitzungen werden alten oder neuen Fürstentümern übertragen oder angeschlossen, Ferdinand Joseph, der ehemalige Großherzog von Würzburg, erhält die Toskana zurück, die 39 verbleibenden deutschen Staaten werden in einem lockeren Zusammenschluss, dem Deutschen Bund organisiert