Die Flagge zeigte das Bild des Wappens, das seine Wurzeln im Kurfürstentum Mainz hatte. Das Großherzogtum Frankfurt bestand größtenteils aus Restgebieten des ehemaligen Kurfürstentums Mainz, und wurde vom ehemaligen Kurfürsten und Erzbischof von Mainz, dem Fürstprimas Karl Theodor von Dalberg als Landesfürsten regiert. Der Fürstprimas war zunächst Fürst von Aschaffenburg, 1810 wurden Frankfurt, Hanau und Fulda angeschlossen, und so das Großherzogtum Frankfurt gebildet, die Flagge von Aschaffenburg wurde beibehalten, und auch die Residenz des Fürstprimas verblieb in Aschaffenburg.
Der ehemalige Kurfürst von Mainz und Reichserzkanzler, Karl Theodor von Dalberg, bekam Aschaffenburg nach dem Ende des Kurfürstentums Mainz übertragen. Er übernahm die Heraldik von Mainz und übertrug sie auf das Fürstentum Aschaffenburg, das territorial ein ehemaliger Bestandteil des Kurfürstentums Mainz war. Das kann man daran erkennen, dass im Wappen des späteren Großherzogtums Frankfurt das Mainzer Rad als Platzhalter für Aschaffenburg im zweiten Feld enthalten ist. Im Jahre 1810 wurden Frankfurt, Hanau und Fulda angeschlossen, daraus das Großherzogtum Frankfurt gebildet. Das Feld 1 des Wappens zeigt die Heraldik von Frankfurt (Adler), das Feld 3 Fulda (Kreuz). das Feld 4. Hanau (Sparren). Das Herzschild ist das Wappen der Familie von Dalberg.
1792, 1796, 1800 und 1805 · Invasionen französischer Revolutionstruppen unter Napoléon in das Deutsche Reich, das Deutsche Reich unterliegt und wird von Napoléon territorial umgestaltet
1801 · alle linksrheinischen Gebiete werden an Frankreich abgetreten und von diesem einverleibt
1803 · Reichsdeputationshauptschluss, Umgestaltung der territorialen Gliederung des Deutschen Reiches, geistliche Besitzungen werden enteignet, alte Fürstenterritorien und freie Städte werden enteignet oder aufgehoben und alten oder neuen Fürstentümern übertragen, die Zahl der Gebietskörperschaften des Reiches wird dadurch von 300 auf 60 reduziert – das Bistum und Kurfürstentum Mainz wird auf diesem Wege aufgehoben, der Kurfürst von Mainz und Reichserzkanzler erhält aus dem Bestand des ehemaligen Kurfürstentums Mainz die Gebiete Aschaffenburg, Klingenberg, Orb und Lohr als Fürstentum Aschaffenburg, und zusätzlich das Fürstentum Regensburg
12.07.1806 · Napoléon erzwingt die Gründung des Rheinbundes, ein Zusammenschluss von sechzehn süd- und südwestdeutschen Staaten unter französischem Protektorat, das Fürstentum Aschaffenburg und das Fürstentum Regensburg gehören zu den Gründungsmitgliedern, der Fürst beider Länder, der ehemalige Kurfürst und Erzbischof von Mainz, Fürstprimas Karl Theodor von Dalberg, erhält am 19.09.1806 zusätzlich die ehemalige Freie Reichsstadt Frankfurt als Fürstentum Frankfurt
06.08.1806 · Kaiser Franz II. legt die Krone des Heiligen Römischen Reiches Deutscher Nation nieder, das Reich endet
16.02.1810 · Napoléon übergibt das Fürstentum Regensburg (der Fürst von Aschaffenburg ist gleichzeitig auch Fürst von Regensburg) an Bayern, der Fürst von Asschaffenburg wird mit den Gebieten Hanau und Fulda entschädigt, diese werden an Aschaffenburg angeschlosen und am 19.02.1810 wird durch Vereinigung dieser Territorien mit dem Fürstentum Frankfurt das Großherzogtum Frankfurt gegründet
30.09.1813 · Großherzog Karl Theodor von Dalberg verlässt das Land
Oktober 1813 · Niederlage Napoléons bei Leipzig, das Großherzogtum Frankfurt beginnt sich aufzulösen
28.10.1813 · Großherzog Karl Theodor von Dalberg verzichtet auf die Krone des Großherzogtums und dankt zugunsten von Napoléons Stiefsohn Eugène de Beauharnais ab
1815 · Wiener Kongress, Neuordnung Europas nach der Ära Napoléon, die Besitzverhältnisse und die Raumordnung im ehemaligen Deutschen Reich werden wieder hergestellt, jedoch nicht die Souveränität der geistlichen Länder, deren Besitzungen werden alten oder neuen Fürstentümern übertragen oder angeschlossen, Fulda und Hanau kommen an Hessen-Kassel, Aschaffenburg an Bayern und Wetzlar an Preußen, Frankfurt wird wieder Freie Stadt, die 39 verbleibenden deutschen Staaten werden in einem lockeren Zusammenschluss, dem Deutschen Bund organisiert