Die Flagge zeigte wahrscheinlich das Bild des Wappens, das seine Wurzeln im Kurfürstentum Mainz hatte. Das Fürstentum Aschaffenburg war quasi das Restgebiet des Kurfürstentums Mainz, und wurde vom ehemaligen Kurfürsten und Erzbischof von Mainz, dem Fürstprimas Karl Theodor von Dalberg als Landesfürsten regiert.
Der ehemalige Kurfürst von Mainz und Reichserzkanzler bekam Aschaffenburg nach dem Ende des Kurfürstentums Mainz übertragen. Er übernahm die Heraldik von Mainz und übertrug sie auf das Fürstentum Aschaffenburg, das territorial ein ehemaliger Bestandteil des Kurfürstentums Mainz war. Das kann man daran erkennen, dass im Wappen des späteren Großherzogtums Frankfurt das Mainzer Rad als Platzhalter für Aschaffenburg enthalten ist.
1792, 1796, 1800 und 1805 · Invasionen französischer Revolutionstruppen unter Napoléon in das Deutsche Reich, das Deutsche Reich unterliegt und wird von Napoléon territorial umgestaltet
1801 · alle linksrheinischen Gebiete werden an Frankreich abgetreten und von diesem einverleibt
1803 · Reichsdeputationshauptschluss, Umgestaltung der territorialen Gliederung des Deutschen Reiches, geistliche Besitzungen werden enteignet, alte Fürstenterritorien und freie Städte werden enteignet oder aufgehoben und alten oder neuen Fürstentümern übertragen, die Zahl der Gebietskörperschaften des Reiches wird dadurch von 300 auf 60 reduziert – das Bistum und Kurfürstentum Mainz wird auf diesem Wege aufgehoben, der Kurfürst von Mainz und Reichserzkanzler bekommt aus dem Bestand des ehemaligen Kurfürstentums Mainz die Gebiete Aschaffenburg, Klingenberg, Orb und Lohr als Fürstentum Aschaffenburg
12.07.1806 · Napoléon erzwingt die Gründung des Rheinbundes, ein Zusammenschluss von sechzehn süd- und südwestdeutschen Staaten unter französischem Protektorat, das Fürstentum Aschaffenburg gehört zu den Gründungsmitgliedern
06.08.1806 · Kaiser Franz II. legt die Krone des Heiligen Römischen Reiches Deutscher Nation nieder, das Reich endet
16.02.1810 · Napoléon übergibt das Fürstentum Regensburg (der Fürst von Aschaffenburg ist gleichzeitig auch Fürst von Regensburg) an Bayern, der Fürst von Asschaffenburg wird mit den Gebieten Hanau und Fulda entschädigt, diese werden an Aschaffenburg angeschlosen und das Großherzogtum Frankfurt gegründet, das Fürstentum Aschaffenburg endet