El Salvador war zunächst Mitglied der Zentralamerikanischen Föderation, und führte deren Flagge. Die Flagge der Zentralamerikanischen Föderation ist eine blau-weiß-blau längsgestreifte Flagge mit einem Wappen in der Mitte des weißen Streifens. Sie ist ein Entwurf von Manuel José Arce und wurde im Zuge des antimexikanischen Abwehrkampfes geschaffen und 1822 erstmals gehisst. Diese Flagge wurde am 21.08.1823 für die Vereinigten Staaten von Zentralamerika (Zentralamerikanische Föderation) übernommen. Die Farben Blau Weiß und Blau (zentralamerikanische Farben) wurden ursprünglich im Unabhängigkeitskampf gegen Spanien verwendet und stellen ein Symbol der Solidarität mit anderen südamerikanischen Staaten dar, und verkörpern den gemeinsamen Willen der Mitglieder der Föderation nach Freiheit und Unabhängigkeit. Die Anordnung der Farben widerspiegelt die Lage Zentralamerikas zwischen den beiden Ozeanen. Das Staatswappen der Zentralamerikanischen Föderation wurde, wie die Flagge, am 21.08.1823 eingeführt. Es zeigt fünf Vulkane, die für die fünf Mitgliedstaaten der Föderation stehen. Das Dreieck symbolisiert Gleichheit, die phrygische Mütze Freiheit, und der Regenbogen Hoffnung. Nach dem Ende dieses Staatenbundes (1838/39) behielt El Salvador diese Flagge bis 1865 bei. Danach wurde eine Flagge nach dem Vorbild der USA angenommen. Diese Flaggen war in den fast 50 Jahren ihrer Verwendung sehr vielen Änderungen im Bereich des Sternenfelds unterworfen. Sie Anzahl der Sterne variierte sehr stark und damit verbunden auch die Anzahl der waagrechten Reihen von Sternen. Die heutige blau-weiß-blau längsgestreifte Flagge wurde am 17.05.1912 wieder eingeführt, und offiziell am 27.09.1972 bestätigt. Im Vergleich zur Flagge der Zentralamerikanischen Föderation fällt das Blau in der Flagge El Salvadors aber etwas heller aus. Das Motto der Handelsflagge lautet "Dios, Union, Libertad" (Gott, Einigkeit, Freiheit).
Das Wappen von El Salvador ist dem Wappen der Zentralamerikanischen Föderation sehr ähnlich. Das Dreieck symbolisiert Gleichheit, die phrygische Mütze Freiheit, und der Regenbogen Hoffnung. Zwischen zwei Wasserflächen (Pazifik und Atlantik - damit wird die geografische Lage des Landes zum Ausdruck gebracht) erheben sich fünf Vulkane. Diese stehen für die fünf Mitglieder der Zentralamerikanischen Föderation. Darüber das Datum 15. September 1821, an dem die Unabhangigkeit El Salvadors von Spanien proklamiert wurde.